Cilj prekogranične suradnje usmjeren je na rješavanje zajedničkih izazova koji su zajednički identificirani u pograničnim regijama te bi cilj trebao biti iskorištavanje neiskorištenih potencijala rasta u pograničnom području uz istovremeno jačanje suradnje u svrhu općeg usklađenog razvoja Unije. Kroz jačanje prekogranične suradnje u pograničnim područjima pridonosi se sveukupnom razvoju teritorijalne suradnje, povećanju međunarodne konkurentnosti hrvatskih pograničnih regija, smanjenju društvene i gospodarske nejednakosti među hrvatskim regijama i ujednačavanju njihova razvoja.
Za Istarsku županiju najznačajniji programi prekogranične suradnje su:

• Program prekogranične suradnje Italija - Hrvatska 2014.-2020. Podnošenje Programa na odobrenje Europskoj komisiji očekuje se krajem 2015. godine. https://www.italy-croatia.eu/
• Program prekogranične suradnje Slovenija - Hrvatska 2014.-2020. Informacije: https://www.si-hr.eu/hr2/